U središtu romana je stambolski zatvor, Prokleta avlija. Ona je osnovni simbol romana, simbol opšteg, univerzalnog značenja. Ovaj simbol se iskazuje u stalno ponavljanim egzistencijalno-prostornim određenjima. Prokleta avlija je kao simbol opisana tako da sugeriše pustoš života. U sećanju fra-Petra ona se javlja zajedno sa sećanjem na prvu noć izlaska iz nje i samo u naznakama u pozadini koju čini tamni ambis noći.
Prokleta avlija je simbol protivrečnosti civilizacije koju čovek gradi, proizvod civilizacije koja se guši u svojim protivrečnostima. Vlast se izdiže iznad čoveka i natkriljuje svaki pojedinačni život. Za vlast čiji je simbol Prokleta avlija postoji posebno značenje krivice. Po shvatanju upravnika Proklete avlije Latifage, zvanog Karađoz nema čoveka bez krivice. Ćamilova krivica nije dokazana, ali je on ipak poslat u progonstvo. Sa krivicom je rođen i nesrećni Džem-sultan, a njegova krivica je u tome što je rođen kao mlađi brat. Nije kriv ni fra-Petar pa je ipak poslat u progonstvo.
Prokleta Avlija simbolizuje otuđenu vlast. Čovekovo otuđenje nastaje kada se prava i dužnosti podele među ljudima, pa jedni gone one na čijim prisvojenim pravima i postoje kao ličnosti. Latifaga je simbol takve vlasti. Vlast je njegova sudbina, njegova profesija, ali i sredstvo uništavanja onih na koje padne sumnja. On je izvršilac nekog mutnog principa na kome je sazdano samo ljudsko društvo. Najopasniji krivci po shvatanju vlasti postaju intelektualci Ćamil i Džem-sultan. Ćamil, veliki tragični stradalnik, sa perom u ruci i vizijom prošlosti u glavi se povlači pred besmislom društvenih zala. Džem-sultan postaje žrtva međunarodne diplomatije i zle kobi da bude rođen kao sultanov brat.
Prokleta avlija je simbol podeljenosti sveta i stalne borbe između dva sveta, između kojih nema i ne može biti dodira. To je borba između svetla i tame, između dobra i zla. Prokleta avlija je simbol trajanja života. Ona se uvek puni i prazni. Ali ona i živi samo za sebe, uvek ista. Ona dokazuje da u životu postoji uvek nešto trajno iako se sam život neprekidno menja.
Sama slika Proklete avlije je sumorna. Ni ono što opisuje, ni ono što je okružuje, ni ono što sama jeste, nije radovanje i nije nada. Ona nosi mnoge gorke istine o čoveku i njegovoj prirodi, o životu. Ali Prokleta avlija je i vešto skriveni simbol nade. Simbolično značenje imaju vrhovi čempresa i džamije koji štrče iznad zidova Proklete avlije. Ovo ljudsko znamenje je simbol nade i vere u čoveka.
Simbolično značenje Proklete avlije nosi u sebi najdublje humanističke poruke. Kao parabola o podeljenosti sveta i istovetnosti ljudskih sudbina bez obzira na razlike nameće misao o neophodnosti građenja mostova koji povezuju i približavaju ljude.