Vrt Vile d'Este je generalno postavljen u okviru šireg konteksta samog Tivolija. U njemu je isprepletena kultura i arhitektura starih rimskih vrtova. Njegov pejzaž, umetnost i istorija uključuju značajne ruševine drevnih vila, kao što su Hadrijanova vila, poznata kao Vila Adriana, kao i zonu bogatu pećinama i vodopadima koja prikazuje beskonačnu bitku između vode i kamena. Konstrukcije i niz terasa podsećaju na viseće vrtove Vavilona, jednog od čuda antičkog sveta. Dodatak vode, uključujući i vodovodne tunele ispod grada evociraju inženjerske veštine samih starih Rimljana.

Vrt Vile d'Este je jasno podeljen u tri dela - jedan niži nivo na nivou okolnog terena i dve povišene terase bliže samoj vili. Osnovnu strukturu vrta čini četvorougao i on se ponavlja u mnogim njegovim detaljima.

Nekada se u vrt Vile d'Este ulazilo iz nižeg dela, kroz vrata uz koja su se nalazile dve fontane, a danas se ulazi iz vile. Ulazni deo vrta je podeljen pergolom na četiri jednaka četvorougla u čijim su središtima mali paviljoni iz kojih može da se posmatra vrt. Uz ulazni kompleks nalazi se lavirint od zimzelenog žbunja sa svake strane ose, a na strani prema vili tri ribnjaka.

Preko središnjeg dela vrta Vile d'Este su tri paralelna niza stepenica obrubljena kaskadama vode prema gornjoj terasi vrta. Središnji niz stepenica se razdvaja i zaobilazi ovalni prostor Zmajeve fontane, koja je zamišljena kao središte vrta.

Druga poprečna osa vrta Vile d'Este koja deli srednji vrt je Aleja stotinu fontana, gde voda teče iz kamenih kipova u kanal iz kojeg se kroz lavlje glave sliva u drugi, niži kanal. Poznata fontana je Ovato ili Ovalna fontana, koja je bila idealan model fontane koji se kopirao često tokom baroka u mnogim vrtovima. To je veštački podignuta stena sa pećinama iza kojih se propinje Pegaz. Fontana Rometta, predstavljena je simboličnom trijumfalnom kapijom i malim Rimom.

Vrt Vile d'Este je nalik na botaničku baštu u kojoj se ističe platan star 500 godina. U njemu rastu bambusi, kamelije, oleandri, rododendroni, ruže i jasmin, ali i lešnici, magnolije, palme, ananas, zimzeleni hrast i brojne druge biljke. Vrt je prepun radova savremenih vajara, kao i skulptura antičke starine verovatno donete iz ostataka obližnje Hadrijanove vile.