U romanu Majstor i Margarita spaja se više književnih pravaca u jednu stilski objedinjenu celinu, stapaju se čudesni elementi sa realnim stvarajući jednu groteksnu priču o tadašnjem stanju u Sovjetskom Savezu, odnosu umetnika i politike, o zlu kosmičkih razmera, kao i o ljubavi koja može da nadjača i najveće zlo. Roman je jedinstven po svojoj neobičnoj strukturi, a njegova kompozicija stvara roman u romanu. Radnja romana se zasniva na dve paralelne priče: priče o ljudima i događajima u Moskvi sredinom 20-ih godina XX veka i priče o Pontiju Pilatu, prokuratoru Judeje i Isusu Hristu.
Mihail Bulgakov u romanu Majstor i Margarita slika koloplet pet sila koje može da obuhvati cela istorija čovečanstva. Kao najznačajnije teme čovečanstva navodi Isusa Hrista i Đavola, najveće Dobro i najveće Zlo. Pri tome se ističe da Dobro ponekad i pogreši, ali uvek strada, dok je zlo toliko moćno da dopušta sebi da čini i Dobro. Uz njih su i sile koje odlučuju o svakom pojedincu i sveukupnosti ljudskih sudbina: Vlast, Ljubav i Stvaralaštvo.
Roman Majstor i Margarita počinje stihovima iz Geteovog Fausta: "... ali ko si ti, najzad? - Deo sam one sile koja večito stremi zlu, a večito tvori dobro." Ovi stihovi objašnjavaju dilemu koja se javlja kod čitalaca romana - da li đavo iskušava ljude zbog čega oni u svojoj urođenoj slabosti čine zlo ili bi oni činili zlo i da đavola uopšte nema. Zla je oduvek bilo i biće. Izvorište zla je Vlast, piše Mihail Bulgakov, pa njihovo suprotstavljanje Vlasti donosi mnogo više Dobra nego Zla jer stradaju oni koji imaju lične poroke i zlodela. Ljudima dominiraju sitni interesi, pohlepni su, poročni i slabi. Bulgakov stavlja akcenat na kosmički potencijal tih klica zla koje se nalaze u običnim ljudima, koje Isus Hrist, uprkos svemu, i dalje zove "dobrim ljudima". Na kraju se naglašava da je Zlo ipak u čoveku i da đavo tu nije ništa kriv.